与一般学校不同的是，威斯康辛大学麦迪逊分校的计算机科学系隶属于文字科学学院(College of Letters & Science)，而不是工程学院。该校只接受网络申请，学生需要提交的申请材料有：申请表格、个人陈述、3封推荐信、财力资助调查表、官方成绩单、GRE和TOEFL成绩。TOEFL 80-92 需要参加测试。GPA3.0以上。
威斯康辛麦迪逊计算机科学系(Department of Computer Science)研究生开设有3个学位项目：
PMP项目(Professional Master's Program)
常规MS项目(Regular M.S. Program)
PhD项目(PhD Program)
其中PMP是2014年秋季新开设的一个硕士项目。PMP与MS的区别在于，前者是一个以就业为目的的专业项目，而后者是一个学术项目，读完后者是可以自动攻读PhD项目的，而前者不可以。
威斯康辛麦迪逊计算机科学系专业设置
人工智能(Artificial Intelligence)
计算生物学(Computational Biology)
计算机架构(Computer Architecture)
计算机图形(Computer Graphics)
计算机网络(Computer Networks)
计算机安全(Computer Security)
数据库系统(Database Systems)
人机交互(Human-Computer Interaction)
多线程(Multifacet)
数字分析(Numerical Analysis)
算法优化(Optimization)
性能分析(Performance Analysis)
编程语言与编译器(Programming Languages & Compilers)
系统研究(Systems Research)
理论计算机科学(Theoretical Computer Sciences)
威斯康辛大学麦迪逊分校计算机科学专业研究生录取统计
MS：
| 年份 | 全部学生 | 国际学生 | ||||
| 2012 | 2013 | 2014 | 2012 | 2013 | 2014 | |
| 申请人数 | 630 | 739 | 718 | 583 | 672 | 662 |
| 录取人数 | 47 | 111 | 86 | 26 | 72 | 69 |
| 招生人数 | 31 | 67 | 40 | 18 | 43 | 32 |
| 录取率 | 7% | 15% | 12% | 4% | 11% | 10% |
PhD：
| 年份 | 全部学生 | 国际学生 | ||||
| 2012 | 2013 | 2014 | 2012 | 2013 | 2014 | |
| 申请人数 | 635 | 610 | 509 | 542 | 528 | 427 |
| 录取人数 | 136 | 164 | 145 | 78 | 101 | 93 |
| 招生人数 | 40 | 41 | 28 | 23 | 22 | 17 |
| 录取率 | 21% | 27% | 28% | 14% | 19% | 22% |
USNEWS排名：
| 年份 | 计算机科学 | 人工智能 | 软件工程 | 计算机系统 | 理论计算机科学 |
| 2013 | 11 | 0 | 10 | 7 | 12 |
| 2014 | 11 | 18 | 10 | 8 | 0 |
